Национальный музей естественной истории был создан Конвентом в 1793 году на базе Королевского сада лекарственных растений, основанного Людовиком XIII в 1635 году.
В XIX веке коллекция музея значительно пополнилась и было принято решение о строительстве новой зоологической галереи под руководством Луи-Жюля Андрэ. Она была открыта в 1889 году. Стеклянная крыша позволяла получать естественное освещение на все этажи.