Ulusal Doğa Tarihi Müzesi, 1793 yılında Kongre tarafından, 1635 yılında Louis XIII tarafından kurulan Kraliyet Şifalı Bitkiler Bahçesi'ne dayanarak kurulmuştur.
Yüzyılda müzenin koleksiyonu önemli ölçüde genişletildi ve Louis-Jules Andray yönetiminde yeni bir zooloji galerisinin inşasına karar verildi. 1889 yılında açılmıştır. Cam çatı, tüm katlara doğal ışık almasına izin verdi.