Датой создания Донского бассейнового водного управления Федерального агентства водных ресурсов считается 1962 г., когда в соответствии с Постановлением Совета Министров СССР №425 от 22 апреля 1960 г. «О мерах по упорядочению охраны водных ресурсов СССР» и приказом Государственного Комитета Совета Министров РСФСР по водному хозяйству от 24 февраля 1962 г., в г. Ростове-на-Дону была организована Северо-Кавказская бассейновая инспекция. В начале 1963 г. учреждение приступило к работе.