Елена Захарова встречалась с бизнесменом Сергеем Мамотовым, от которого в 2011 году родила дочь Анну-Марию. Однако девочка скончалась в восьмимесячном возрасте от острой вирусной инфекции. Вскоре после трагедии Захарова и Мамотов расстались. В 2017 году актриса родила дочку Майю. Личность отца девочки Захарова не раскрыла, но упомянула, что ей сделали предложение. Неизвестно, вышла ли артистка замуж. Она также не отвечает на вопросы СМИ о том, есть ли у нее сейчас вторая половинка.