Межгорная котловина в юго-западной части полуострова Крым. С 1991 года в долине находится крупнейший в Крыму заказник «Байдарский». В административном отношении она расположена в Балаклавском районе, на юго-востоке территории, подчинённой горсовету Севастополя. Байдарская долина находится на высоте 300–400 метров, а окружающие её горы — 600–800 метров. Через долину проходила старая дорога из Херсонеса (а затем Севастополя) на Южный берег Крыма. С 2002 года в долине расположена база летних полевых практик студентов географического факультета МГУ.