Пресноводное озеро в центре Приханкайской низменности (равнины). Относится к водосборному бассейну Амура. Вода в озере мутная, что объясняется частыми ветрами и вследствие этого сильным перемешиванием. В озеро впадают 24 реки, в том числе Илистая, Мельгуновка, Комиссаровка. Единственная вытекающая река — Сунгача, приток Уссури (бассейн Амура). Ханка замерзает во второй половине ноября, вскрывается в апреле.