Климат Калахари аридный с летним максимумом осадков и мягкой зимой, причём аридность увеличивается к юго-востоку. Осадки (от 150 до 500 мм) приурочены к летнему периоду (ноябрь — апрель), но их величина значительно колеблется как во времени, так и по площади. Калахари — один из самых жарких районов Южной Африки. Среднемаксимальная температура — плюс 29 °C, а средняя минимальная — плюс 12 °C, испаряемость — 3 тыс. мм/год.