Остров в восточной части Финского залива. Он расположен в 19 км от южного берега залива и в 38 км от северного. Санкт-Петербург находится в 100 км, а Кронштадт — в 78 км к востоку от острова. Сескар вытянут с севера на юг примерно на 3,2 км, ширина его при этом составляет более 1 км, а площадь — 4,16 км². Административно подчинён Кингисеппскому району Ленинградской области.