Вазари писал, что Рафаэль умер «после времяпрепровождения ещё более распутного, чем обычно», но современные исследователи полагают, что причиной смерти была римская лихорадка, которой заразился живописец во время посещения раскопок.

Рафаэль умер в Риме, 6 апреля 1520 г. в возрасте 37 лет. Похоронен в Пантеоне.