Он уже 13 лет счастлив в браке с Екатериной Багель, которая после замужества взяла его фамилию. Вместе супруги воспитывают троих сыновей — Тимофея (2010), Федора (2012) и Степана (2016).

Михаил и Екатерина долгое время скрывали свою четвертую беременность. О скором пополнении в семье стало известно в конце апреля этого года. Башкатовы появились вместе на премьере сериала Кирилла Плетнева «Оффлайн».