Люсьена Овчинникова скончалась 8 января 1999 года в Москве на 68-м году жизни, пережив своего мужа, актёра Валентина Козлова, всего на четыре месяца. Причиной её смерти стал оторвавшийся тромб. 12 января тело актрисы было кремировано, а урна с прахом захоронена в колумбарии Введенского кладбища; позже, в 2021 году, она была перезахоронена в семейной могиле на том же кладбище (участок № 3).