Климат региона резко континентальный: холодная зима и тёплое лето. В Горном Алтае находится как самое тёплое место в Сибири, так и самое холодное. Холоднее всего в Чуйской долине — зимой здесь до -32 градусов, а в южных районах зимой около -10. Летом самый тёплый месяц июль, температура до +16, а в высокогорьях — до +7.