Если компьютер и операционная система способны принять GPT, то следует использовать его, если нет — выбирайте MBR.
Из преимуществ последнего можно назвать только более широкую совместимость: MBR работает с UEFI и BIOS, а также поддерживает больше ОС. Однако он не распознаёт диски объёмом свыше 2 ТБ и не позволяет создавать более четырёх разделов.