Яшин умер на 61-м жизни 20 марта 1990. Причиной смерти стал рак желудка. Заболевание у него обнаружили после ампутации ноги. Ранее из-за заболевания сосудов у Яшина возникло поражение артерий ног. Произошла закупорка, которая привела к омертвлению тканей. Гангрена вынудила врачей пойти на ампутацию. И уже в 1984 бывший вратарь потерял левую ногу.

Лев Яшин скончался 20 марта 1990 года в Москве. Похоронен на Ваганьковском кладбище. В 1994 году ФИФА учредила приз имени Льва Яшина, который вручается лучшему игроку каждого чемпионата мира. В 1997 году был установлен памятник Яшину в московском спорткомплексе "Лужники", в 1999 году - на территории московского стадиона "Динамо". Имя известного вратаря с 1990 года носит футбольная школа "Динамо".