Сюжет игры Hollow Knight: Silksong разворачивается в королевстве Фарлум, где правят бал песни (song) и шелк (silk). Главная героиня, Хорнет, сбежала из заточения. Потеряв часть своих способностей из-за длительного пребывания в клетке, она отправляется в путешествие, в ходе которого обретает новые силы. Хорнет предстоит добраться до самой высокой вершины королевства, где находится сияющая цитадель. По пути она встретит множество новых персонажей и более 150 новых врагов в самых разнообразных локациях: коралловых лесах, замшелых гротах, туманных городах и многих других. По мере развития сюжета игроку будет раскрываться больше информации о заколдованном королевстве и предназначении Хорнет.