Глубина изменяется неравномерно: в северной части она колеблется от 70 до 230 м, в южной — от 20 до 70 м. Средняя глубина озера — 50 м, наибольшая — 233 м (к северу от острова Валаам). Дно северной части неровное, изборождённое впадинами, а южной части более спокойное и отличается большей сглаженностью. Ладожское озеро занимает восьмое место среди глубочайших озёр России.