Итак, FAT32 это старая система, которая имеет ряд серьезных ограничений. Сейчас уже мало кого удивишь терабайтным винчестером. NTFS работает с такими дисками эффективнее. К тому же NTFS более устойчива в работе, нежели FAT32.
Впрочем, если у вас не самый новый компьютер и не слишком большой винчестер, то FAT32 вполне подойдет.