Как таковой вопрос качества не стоит. Сказать, что GPT‑диски работают лучше или быстрее, нельзя, дело лишь в совместимости оборудования и возможностях. Если компьютер и операционная система способны принять GPT, то следует использовать его, если нет — выбирайте MBR.
Из преимуществ последнего можно назвать только более широкую совместимость: MBR работает с UEFI и BIOS, а также поддерживает больше ОС.